战国时，楚国的春申君于此建菰城。
秦灭楚改置乌程县。
三国吴宝鼎元年（266）分吴、丹阳两郡置吴兴郡，为湖州立郡之始。
南朝梁末改吴兴郡为震州名。
陈初复为吴兴郡，后废。
仁寿二年（602）置湖州。
北宋太平兴国七年（982）析乌程置归安县。
南宋宝庆元年（1225）改为安剖州。
元至元十三年（1276）改为湖州路。
明代为湖州府。
1912年后废府，并乌程、归安为吴兴县。
1949年于吴兴县城区置吴兴市，1950年改为湖州市。
1962年撤销，1970年复置。
1981年撤销吴兴县并入湖州市，1983年升为省辖市。
2003年1月11日，设立湖州市吴兴区。
辖织里、八里店、杨家埠、妙西、东林、埭溪6个镇和道场、环渚、白雀3个乡以及月河、朝阳、爱山、飞英、龙泉、凤凰6个街道。
2007年3月16日，设立康山街道。
2009年8月7日，撤销白雀乡，与环渚乡新桥村设立仁皇山街道、滨湖街道。
2024年12月，撤销杨家埠镇，建立杨家埠街道和弁南街道。
2024年，撤销环渚乡，建立环渚街道。
2024年，调整月河街道和飞英街道行政区划，组建湖东街道。