秦始皇二十六年(公元前221年)，置会稽郡，萧山属会稽郡地。
西汉初至元始二年(公元2年)间，始建县，名余暨，属会稽郡。
“余”为越语，越人称盐为“余”，因当时萧山产盐，又临暨浦，所以称“余暨”。
孙权黄武年间(公元222--229年)，改名永兴，属会稽郡。
唐天宝元年(公元742年)，改永兴为萧山，以萧然山为名，沿用至今。
作为山名的萧山，早在《汉书·地理志》余暨县名之下已有记载，其来历是当年越王勾践被吴王夫差战败，率剩下兵卒停留于此，四顾萧然，故称此山为萧然山，亦名萧山。
自唐改称萧山以来，除清咸丰十一年(1867年)至同治二年(1863年)太平军占领萧山期间，为避西王萧朝贵、南王冯云山之讳，改为“莦珊”外，均称萧山县。
1949年5月5日，中国人民解放军解放萧山，为省直属县。
1949年6月底，划归绍兴专区。
1952年起，复为省直属县。
1957年划归宁波专区。
1959年改属杭州市。
1987年11月27日，经国务院批准，撤销萧山县，设立萧山市(县级)。
1988年1月1日，萧山县改称萧山市，仍属杭州市。
2001年3月25日，萧山举行撤市设区挂牌仪式，杭州市萧山区正式成立。