清宣统三年（1911年），设马家乡。
民国二十年（1931年），马家乡析置黄龙、倒灌、金鸡、高洞4乡。
民国二十四年（1935年），马家、倒灌、高洞合并为太极联保。
民国二十九年（1940年），太极联保改为高洞乡。
民国三十年（1941年），从高洞乡析置马灌乡。
1958年，马灌乡改为马灌公社。
1984年，马灌公社改为马灌乡。
1992年7月，马灌乡、倒灌乡合并为马灌镇。
2006年3月2日，高洞乡、黄钦乡并入马灌镇。